Tình trạng đường tiêu hóa liên quan đến viêm, bao gồm viêm loét đại tràng (UC), bệnh Crohn (CD) và viêm tụy, cũng như các bệnh ung thư đường tiêu hóa như ung thư thực quản, dạ dày và trực tràng đã được nghiên cứ nhiều năm qua. Vai trò của autophagy trong các bệnh đường tiêu hóa rất phức tạp và đôi khi gây tranh cãi. Để khai thác hết tiềm năng điều trị của autophagy trong việc điều trị những tình trạng này, cần phải có nghiên cứu chuyên sâu hơn.