Viêm gan C ảnh hưởng đến hệ thống miễn dịch của cơ thể bằng cách kích thích hệ thống miễn dịch hoạt động để loại bỏ virus. Khi không thể loại bỏ hoàn toàn virus, bệnh sẽ tiến triển thành viêm gan C mãn tính và hệ thống miễn dịch được kích hoạt liên tục có thể khiến bệnh nhân mệt mỏi và suy giảm khả năng phản ứng.